Для того, чтобы вывести свою обработку в интерфейс конфигурации необходимо включить её в состав требуемой подсистемы:
Также можно создать свою подсистему в расширении и складывать нужные объекты в неё.
Например, можно поместить в расширение внешние обработки или отчеты и просто подключать их к любым конфигурациям: